2006年，獲得南陽市政府農業產業化優秀＂龍頭企業”“市重點龍頭企業”等稱號。
2007年，研制開發的“裕丹神”牌丹參貢茶獲全國農博會“創新獎”；選育的“豫丹參2號、豫丹參3號”、南陽艾2號（芝元1號）”獲得省中藥材新品種鑒定。
2008年，裕丹參被評選為“河南省名牌產品”、“河南最具影響力的十大地理標志產品”；種植基地通過國家食品藥品監督管理局GAP認證，被確定為“河南十大中藥材種植基地”、“河南省中藥材規范化種植示范基地”、“南陽市科技示范基地”。
2010年，連續4年獲得南陽市政府農業產業化優秀＂龍頭企業”、＂市重點龍頭企業”等稱號。同年11月，通過國家GAP認證驗收成為河南省丹參規范化GAP種植基地。南陽市丹參培優工程技術研究中心落戶公司。同年公司丹參規范化種植基地被河南省科技廳授予首批“河南省中藥材規范化種植示范基地”。
2013年，投資組建河南省芝元堂藥業有限公司，公司承擔的“年產5000噸中藥飲片”項目是國家鼓勵發展的現代中藥高科技產業項目，被列入河南省第二批重點建設項目。
2015年，公司被定為市級丹參培優工程技術研究中心，并升級為“河南省丹參培優工程技術研究中心”。
2016年，河南省芝元堂藥業有限公司獲得國家GMP認證和生產許可證，認證范圍包括凈制、切制、蒸制、煮制、炒制、炙制、煅制等。
2018年，公司旗下品牌“陶令菊”系列、中藥飲片系列、花茶系列、艾草系列產品，市場銷量快速增長增。
2019年，河南省醫圣藥業有限公司等多家子公司成立。
2020年，面對疫情，勇于擔當，發揮中醫藥企業的優勢，在中藥飲片、中藥配方顆粒、醫用口罩、艾草系列產品、智能艾灸設備等方面全面突破，快速發展，同年被南陽市人民政府確定為“重點龍頭企業”。
2021年，國家中藥材標準化與質量評估聯盟授予“抗疫貢獻獎”和“扶貧貢獻獎”，同年啟動了5000噸中藥顆粒項目。
2022年，河南省芝元堂藥業有限公司被南陽市列為新型研發機構備案單位。